Salariés vs freelances pour la R&D : quels impacts sur tes subventions et ta fiscalité ?

Introduction

Quand ta startup démarre, il est normal de te poser la question : faut-il recruter en interne ou passer par des freelances ?

Sur le plan opérationnel, les deux modèles ont leurs avantages.
Mais lorsqu’il s’agit de financer ta R&D, d’obtenir des subventions, des prêts Bpifrance, ou d’activer le Crédit Impôt Recherche (CIR) ou le Crédit Impôt Innovation (CII), ce choix a un impact majeur.

Dans cet article, on décortique les effets financiers, fiscaux et stratégiques de ce choix, pour t’aider à maximiser ton financement non dilutif.

1. Salariés : le moteur clé du financement R&D non dilutif

Recruter des salariés, surtout sur des postes R&D, envoie un signal positif aux financeurs. Mais surtout, leurs coûts sont éligibles à plusieurs dispositifs fiscaux et publics.

1.1 Salaires R&D = éligibles au CIR et CII

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) te permet de récupérer jusqu’à 30% de tes dépenses R&D.
Le Crédit d’Impôt Innovation (CII) couvre jusqu’à 20% des dépenses d’innovation.

Les salaires des ingénieurs, développeurs, scientifiques, techniciens R&D peuvent être valorisés directement dans le calcul du CIR/CII.
Ce qui signifie : plus de salariés R&D = plus de crédit d’impôt.

1.2 Les salaires R&D sont pris en compte dans les subventions

Les dispositifs comme :

Bourse French Tech / Emergence (BFTE)
Aides régionales innovation
Appels à projets France 2030
Prêts innovation Bpifrance

financent plus facilement des dépenses liées à des salariés que des freelances.

Ex : Subventions France 2030 plan

Si tu demandes un financement public, avoir des ressources internes dédiées à la R&D renforce ta crédibilité.

1.3 Effet structurant vis-à-vis des financeurs

Pour un financeur, avoir des salariés R&D signifie :

Tu investis réellement dans ta technologie
Ton projet s’appuie sur une équipe stable
Tu es dans une démarche long terme

Bref → signal de maturité stratégique.

2. Freelances : flexibilité opérationnelle… mais moins d’avantages financiers

Faire appel à des freelances peut être plus rapide, plus flexible, et adapté pour des missions ciblées.
Mais côté financement, la situation change.

2.1 Non éligibles au CIR/CII (dans la grande majorité des cas)

Dans le calcul du CIR/CII, seules les dépenses de sous-traitance R&D auprès d’organismes agréés CIR sont éligibles.

Les freelances indépendants classiques ne sont pas agréés, sauf cas exceptionnel.

Donc : un freelance = 0 € de crédit d’impôt (sauf si agréé → rare).

2.2 Très difficile à valoriser dans une subvention

Dans la plupart des dossiers, les freelances sont considérés comme :

Externalisation non structurante
Coûts non maîtrisés
Low commitment sur la technologie

→ Ce qui affaiblit ton dossier.

2.3 Le bon usage des freelances

Les freelances sont très utiles pour :

Expertises ultra spécialisées (ex : cryptographie, IA NLP, calcul scientifique)
Pics de production / développement
Missions courtes ou exploratoires

Mais ils doivent complémenter, pas remplacer, tes salariés R&D.

3. Alors, salariés vs freelances pour la R&D ? Le bon mix.

Pour maximiser ton financement non dilutif :

Priorise les salariés sur les postes clés R&D.

Pour garder de la flexibilité :

Utilise les freelances en complément.

Ce n’est pas l’un contre l’autre.
C’est une question d’équilibre stratégique entre :

structure (salariés)
agilité (freelances)

4. Bonus : Le statut JEI amplifie encore l’intérêt des salariés

Le statut Jeune Entreprise Innovante (JEI) permet des exonérations de charges sociales sur les salaires R&D.

Ce qui signifie :

Moins de charges → Plus de trésorerie
Encore plus d’intérêt à internaliser la R&D

5. Comment Flag t’aide à optimiser ton mix salariés / freelances

Construire une roadmap financière adaptée à ta structure.
Maximiser ton CIR / CII.
Identifier les subventions & prêts accessibles.
Faire agréer tes prestataires pour les rendre valorisables dans le CIR/CII.
Préparer une levée de fonds avec les bons KPI.

Découvre nos services flag.

Conclusion : ton choix de recrutement impacte ton financement.

Recruter ou externaliser n’est pas qu’une question opérationnelle.
C’est aussi une décision stratégique qui influence :

Tes subventions
Ton CIR/CII
Ta trésorerie
Ta valorisation future

Si tu veux maximiser ton financement non dilutif, internalise ta R&D, et complète avec des freelances de manière contrôlée.

Contacte-nous, on regarde ça ensemble.

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